W poszukiwaniu koni trojańskich program skanuje wszystkie pliki systemowe, wpisy do rejestru systemowego oraz analizuje, jakie programy są uruchamiane podczas startowania Windows (w ten sposób trojan działa cały czas w systemie). W przypadku zidentyfikowania intruza lub wykrycia podejrzanego pliku poda jego lokalizację na dysku i zaproponuje usunięcie wpisów i skrótów odnoszących się do takiego pliku. Umożliwi zmianę jego nazwy, aby nie dać mu szansy na ponowną aktywację. Program radzi sobie również z zaawansowanymi trojanami, rezydującymi w pamięci, których unieszkodliwienie jest bardziej skomplikowane. Trojan Remover zrestartuje system, a następnie usunie szkodnika przed ponownym uruchomieniem Windows, a więc zanim trojan zdąży się uaktywnić.
