Program składa się z kilku komponentów: klasycznego skanera antywirusowego, przeszukującego zasoby systemu w poszukiwaniu wirusów, rezydentnego skanera, sprawdzającego wszystkie otwierane pliki oraz terminarza (Scheduler) pozwalającego określić godzinę lub datę, kiedy program ma automatycznie dokonać skanowania systemu. Pakiet zawiera bezpłatny skaner antywirusowy dla systemu DOS. F-Prot posiada zintegrowaną bazę danych zawierającą ponad 100 tysięcy definicji wirusów plików, boot-sektorów, makr i skryptów, robaków, koni trojańskich oraz programów sabotażowych.