Profesjonalna wersja doskonałego klienta FTP. Potrafi wykonywać skrypty, wznowić pobieranie plików, których proces pobierania został przerwany. Aplikacja wyposażona została w edytor HTML oraz najnowsze standardy ochrony danych: SSL, SSH2 oraz S-Key. Program posiada również moduł synchronizacji katalogów, monitorowania zmian w katalogach oraz moduł dokonywania kopii bezpieczeństwa danej strony. CuteFTP ma wbudowane narzędzie kompresji, które pozwala znacznie zmniejszyć objętość danych w czasie transferu. Aplikacja umożliwia korzystanie z harmonogramu transferu plików, co automatyzuje cały proces i odciąża użytkownika.